請求額と入金額が合わない理由は、誰が確かめられるか：元資料で分かること、顧問先に聞くこと、税理士が決めること

顧問先の請求書と入金の記録を突き合わせると、毎月、金額が合わない行が出ます。AIや突合の処理は、その行に「振込手数料が引かれているらしい」「複数の請求をまとめて払っているらしい」といった当たりを付けるところまでは進められます。ところが、その当たりを誰がどこまで確かめれば「理由」と書けるのかが決まっていないと、理由の欄には推測が並び、月末には所長が元の請求書と入金の記録を開き直すことになります。

この記事は、差額の仕訳の方法ではなく、差額の受け方の整理です。差額の理由を「事務所が元資料で確かめられるもの」「顧問先に事実を聞くもの」「税理士が決めるもの」に分け、確かめた結果と根拠を記録して、次の月に返すところまでを扱います。次のものは扱いません。個別の入金の仕訳や勘定科目、源泉徴収・消費税・相殺の適否の判断、差額をどの金額まで許容するかの水準、会計ソフトや債権管理ツールの比較、確認にかかる時間などの数値や効果の約束です。前提にするのは、顧問先が発行した請求書と、会計ソフトや請求管理上の入金の記録です。銀行明細を元データとする照合は扱いません。なお、当社は税理士事務所向けに税務AXを提供しており、その立場は記事の最後にまとめました。

記帳後の確認の全体像と、候補・理由・人の確定を別々に記録するという考え方は、税務AX｜記帳後の確認を、元データまで追える形に整えるにまとめています。差額に当たりを付ける作業そのものが、特定の人の経験に頼った暗黙知になりやすい点は、税理士事務所の記帳確認が終わらない理由で扱っています。この記事は、当たりが付いたあとに、それをどの区分で受け、どう記録するかだけを掘り下げたものです。

差額、候補、理由、確定を分けて呼ぶ

ここでは、次の4つの言葉を分けて使います。

• 差額とは、請求額と入金額が一致しない状態そのものです。向き（不足か過入金か）と金額だけを指し、原因は含みません。
• 候補とは、機械や職員が付けた推測です。「手数料らしい」「合算らしい」は、根拠を確かめるまでは候補です。機械が出した理由の文言も、同じ扱いにします。
• 理由とは、元資料や相手方の回答で確かめた事実です。どの資料の何を見たか、誰が何を答えたかを言えるものだけが、理由の欄に入ります。
• 確定とは、理由を受けて処理を決める人の判断です。税理士が行います。

「手数料だと思う」と「手数料だと確かめた」は、記録の上では別のものです。この区別がないと、推測が確認済みの顔をして次の月まで残ります。候補を出す機械が何をしているのか（読み取り、分類、文章の生成）によって確認の残り方が違う点は、会計ソフトの自動仕訳・AI-OCR・生成AIは何が違うかで扱っています。

受け方を3つに分ける：元資料、顧問先への照会、税理士の判断

差額の理由を確かめる手段は、誰が何を見られるかで3つに分かれます。

区分	確かめる人	確かめる手段	言えること	まだ言えないこと
元資料で確かめる	事務所の職員	請求書、入金の記録、同じ取引先のほかの請求と入金、前の月までの記録	記録に食い違いがあるか、入金が請求の組み合わせと一致するか、請求書に何と書かれているか	取引先がなぜその額を払ったか
顧問先に事実を聞く	職員が顧問先に照会する	契約書・見積書・注文書などの取引条件、取引先から届いた支払通知や明細、取引先とのやり取り	取引先と何を取り決めていたか、何を通知されたか	税務上どう扱うか
税理士が決める	税理士・所長	職員が集めた事実と根拠	処理の方針、消費税や源泉の扱い、顧問先への説明	根拠が足りない部分（足りない事実を指定して職員に戻す）

この3つは、並べた順に使います。事務所の入力ミスや二重登録のように、事務所の記録の側に原因があるものを顧問先に聞くと、顧問先の時間を使ううえに、答えが返ってこない間は差額が未確認のまま残ります。先に事務所の記録と顧問先の請求書を確かめ、それでも説明できない部分だけを、事実の質問として顧問先に出します。

どの区分を誰が持つかは、事務所と顧問先の体制、契約の範囲で変わります。この表は、確かめる人と手段を混ぜないための整理で、特定の分担を勧めるものではありません。

切り分けの順序：事務所の記録から見て、顧問先に聞くのはその後

差額が1行出たときの手順の例です。

1. 差額の向きと金額を、請求ごとに出す。ひとつの入金が複数の請求に対応しているときは、請求ごとの差額に分けて見ます。
2. 事務所の記録を疑う。入金の二重登録、似た名前や同じ金額の請求への消込違い、入金日や金額の転記ミス、請求書の訂正や再発行で旧版と新版の両方が登録されていないかを見ます。ここで見つかった誤りは、顧問先に聞かず、事務所で直します。
3. 入金と請求の組み合わせを探す。ひとつの入金が複数の請求に対応していないか、ひとつの請求に複数回の入金がないかを見ます。同じ取引先の未消込の請求を並べ、合計が入金と一致する組み合わせがあるかを確かめます。
4. 顧問先が発行した請求書を見る。金額、消費税額、日付、値引きの記載、支払条件（振込手数料の負担の記載があるか）、訂正や再発行の有無を確かめます。
5. 説明できない部分を、事実の質問として顧問先に出す。「手数料ですか」と推測を聞くのではなく、取引条件の書面があるか、取引先から支払通知や明細が届いているか、値引きや分割に合意した経緯があるか、取引先に追加の請求や返金をしたかを聞きます。
6. 事実が揃った差額を、税理士に上げる。候補、確かめた事実と根拠、まだ分かっていないことを分けて渡します。

「差額が小さいから手数料として扱う」といった金額の線は、事務所と顧問先ごとに決める項目で、この記事では水準を示しません。振込手数料は金融機関や振込の方法で金額が変わり得るため、金額が近いことだけでは、理由として確かめたことになりません。

候補ごとに、事務所で確かめること、顧問先に聞くこと、税理士に上げること

同じ候補でも、確かめられる人と手段は行ごとに違います。次の表は、原因を網羅する一覧ではなく、候補ごとの受け分けの例です。消費税の論点のうち、適格請求書や適格返還請求書の交付に関する行は、顧問先が適格請求書発行事業者である場合の論点です。そうでない場合の扱いは、税理士に確認してください。

候補	事務所が元資料で確かめること	顧問先に聞く事実	税理士に上げる論点
振込手数料の差引き	請求書に手数料の負担の記載があるか。同じ取引先の前の月までの入金にも、同じ種類の不足があるか	手数料の負担について、取引先と取り決めがあるか。あれば書面の場所	売上値引き・代金決済上の役務提供・立替払のどれとして扱うか（顧問先が適格請求書発行事業者で、すでに適格請求書を交付している場合の整理。国税庁Q&A問29、問30）
源泉徴収	請求書の品名や役務の内容。取引先が法人か個人か（分かる範囲）	取引先から届く支払明細や支払調書に、源泉税額の記載があるか。あれば写しの提供	源泉徴収の対象に当たるか、差額との対応、その後の扱い（所得税法第204条）
値引き・減額	請求書や再発行された請求書に、値引きの記載があるか	値引きに合意したか。誰がいつ、何に合意したか。取引先が一方的に引いたのか	売上げに係る対価の返還等に当たるか。顧問先が適格請求書発行事業者の場合は、適格返還請求書の交付の要否（消費税法第38条、第57条の4、国税庁Q&A問28）
分割・前受け	同じ取引先の入金が、請求の一部ずつになっているか	契約や見積の支払条件に、分割や前受けの定めがあるか	残高の扱い
合算入金・相殺	未消込の請求の組み合わせが入金額と一致するか。取引先の支払通知があるか	相殺があったか。互いにどんな債務があり、どんな合意があったか	相殺後の処理（民法第505条）
端数・消費税額の計算差	顧問先が適格請求書を発行している場合、その消費税額が、一の請求書につき税率ごとに1回の端数処理になっているか（国税庁Q&A問57）	取引先が支払額をどう計算したか（取引先の処理のため、顧問先経由で）	顧問先が適格請求書発行事業者で、交付した請求書の記載に誤りがあるとき、修正した適格請求書の交付が要るか（消費税法第57条の4第4項）
過入金（誤振込・二重払い）	同じ額が二度入金されていないか。顧問先側で二重に請求していないか	取引先への連絡の有無。返金するか、次の請求と調整するかの意向	返金や調整の処理
事務所の記録の誤り	二重登録、消込先の取り違え、転記ミス。事務所で直す	顧問先には聞かない	訂正が前の期間にまたがるとき

この表が示すのは、原因の種類そのものではありません。原因の列挙は多くの解説にあります。ここで見ているのは、同じ候補でも、事務所が元資料で確かめられる部分と、顧問先に事実を聞かないと分からない部分、税理士が決める部分が、行ごとに違うという点です。

条文と国税庁Q&Aは、どこまで言っているか

上の表で名前を挙げた条文と国税庁のQ&Aを、2026年10月13日に原文で確認しました。確認したのは、e-Govの法令API（民法、所得税法、消費税法、消費税法施行令）と、国税庁の「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」の全体版（令和8年5月改訂）の問28、問29、問30、問57です。

• 民法第485条は、弁済の費用について別段の意思表示がないときは債務者の負担とし、債権者が住所の移転その他の行為で費用を増やしたときは、その増加額を債権者の負担としています。手数料の差引きは、まず「別段の意思表示」に当たる取引条件があるかを顧問先に聞く入口になります。個別の取引でどうなるかは、この記事では判断しません。
• 民法第505条は、互いに同種の債務を負う二人の双方の債務が弁済期にあるときの相殺（第1項）と、相殺を禁止し、または制限する意思表示（第2項）を定めています。取引先が「相殺した」と言うときは、顧問先が取引先に負っている債務は何か、合意はあったかを、事実として聞きます。
• 所得税法第204条第1項は、居住者に対し国内において、原稿・デザインの報酬や講演料など（第1号）、弁護士・税理士などの業務に関する報酬・料金（第2号）などの支払をする者が、支払の際に所得税を徴収すると定めています。第2項は、一部の号について、給与の源泉徴収義務のない個人から支払われるものには適用しないとしています。報酬の種類と支払う側の区分で変わるため、差額が源泉徴収かどうかは、事務所の目視では確定せず、取引先の支払明細で確かめて税理士に上げます。
• 消費税法施行令第70条の10は、適格請求書の消費税額等を税率ごとに区分した合計額から算出し、1円未満の端数は処理すると定めています。国税庁Q&A問57は、一の適格請求書につき税率ごとに1回の端数処理を行うこと、切上げ・切捨て・四捨五入の方法は任意であること、商品ごとに端数処理をした合計を記載することは認められないことを示しています。顧問先が適格請求書を発行している場合、その請求書の側は事務所が確かめられますが、取引先が支払額をどう計算したかは、取引先の処理です。
• 国税庁Q&A問29・問30は、売手が適格請求書発行事業者で、代金請求の際にすでに適格請求書を交付している場合について、買手が振込手数料相当額を請求金額から差し引いて支払い、売手が負担するときは、契約関係等により、売上値引きとする場合、買手から代金決済上の役務提供を受けた対価とする場合、買手が売手のために立て替えたものとする場合に対応が分かれると整理しています。売上値引きとする場合は原則として適格返還請求書の交付が必要ですが、一般的には1万円未満となり、交付義務が免除されるとしています。問30は、同じ売手について、経理処理を支払手数料としたまま、消費税法上は売上げに係る対価の返還等とすることもできるとしています。
• 同じQ&Aは、製造委託等に係る中小受託事業者に対する代金の支払の遅延等の防止に関する法律（取適法）の適用対象となる取引では、当事者間の合意の有無にかかわらず、振込手数料を売手に負担させて代金から差し引くことは禁止されている、と注記しています。適用対象かどうかは、公正取引委員会の案内や専門家に確認してください。
• 適格請求書発行事業者が行う売上げに係る対価の返還等で、その税込価額が1万円未満である場合は、適格返還請求書の交付義務が免除されます（消費税法第57条の4第3項、同法施行令第70条の9第3項第2号）。顧問先が適格請求書発行事業者でない場合の扱いは、この記事では判断しません。国税庁Q&A問28は、その1万円未満かどうかの判定を、返還した金額や値引き等の対象となる請求や債権の単位ごとの減額金額で行うとしています。合算入金の差額も請求ごとに分けて残しておくと、税理士が見るときに単位を組み直さずに済みます。
• 消費税法第38条第2項は、売上げに係る対価の返還等をした金額の明細を記録した帳簿を保存しない場合には、同条第1項の消費税額の控除を適用しないと定めています（災害その他やむを得ない事情の但書があります）。値引きとして扱う差額は、帳簿に金額の明細を記録して保存していることが、控除の条件になっています。この記事の記録が同項の帳簿に当たる、という意味ではありません。

確認した範囲では、差額の理由を区分して記録する書式や、事務所と顧問先の確認の分担を定めた文言は、これらの条文にもQ&Aにも見当たりませんでした。読んだのは上の条文とQ&A4問に限り、ほかの条文、通達、Q&Aは網羅していません。「定めがない」と言い切るものではなく、区分や記録の形は事務所と顧問先が運用で決める部分が大きい、という整理です。個別の適否は、国税庁の最新の案内、所管、専門家に確認してください。

記録の形：差額ごとの記録に残すこと

差額ごとの記録は、候補、確かめた事実、判断を別の欄に分けます。一つの「理由」欄に混ぜると、推測と事実の見分けが付かなくなります。

項目	残す内容	目的
差額の識別	請求書、入金、取引先、差額の向きと金額（請求ごと）	どの請求の差額かを特定する。判定の単位を請求ごとにそろえる
候補	付けた推測と、付けた主体（機械か職員か）	推測が確認済みと混ざらないようにする
受けた区分	元資料／顧問先への照会／税理士の判断	誰の待ちかを分かるようにする
確かめた事実	見た資料とその箇所、または顧問先の回答の内容	理由として言える範囲を決める
根拠の種類	書面・明細／顧問先の口頭の回答／取引先の説明を顧問先経由で聞いたもの	口頭の回答は後から追えないため、種類を分けて残す
確認者と日	誰が、いつ確かめたか	時点と持ち主を後から追えるようにする
判断	税理士の判断の内容、判断した人と日	判断の根拠と時点を残す
申し送り	次の月に確かめること	持ち越しを見える形にする

状態は、次の例のように分けておくと、持ち越しの一覧が「誰の待ちか」で並べられます。

状態	意味	次の動き
候補のみ	推測だけがあり、根拠は未確認	元資料を見る
元資料で確認済み	事務所の記録や請求書で確かめた	説明が足りない部分があれば、顧問先に事実を聞く
顧問先に照会中	事実の質問を出した	回答を待つ日を決め、顧問先の待ちとして記録する
回答あり（書面）	取引条件や支払明細などの書面が届いた	税理士に上げる
回答あり（口頭のみ）	口頭の回答だけで、書面や明細がない	書面の提出を頼むか、口頭のままと記録して税理士に上げるかを決める
税理士の判断待ち	事実と根拠を添えて上げた	判断を記録する
判断済み	税理士が処理を決めた	次の月への申し送りを残す

架空の記録例です。取引先名、金額、状況は架空で、列の使い方を示すだけのものです。

取引先	差額	候補	受けた区分	確かめた事実と根拠	状態
A商店（架空）	不足・○円	振込手数料の差引き（職員の推測）	元資料から顧問先への照会へ	前の月の入金にも同じ種類の不足がある（入金の記録で確認）。請求書に手数料の負担の記載はない。取引条件の書面の有無を顧問先に照会	顧問先に照会中
B工業（架空）	不足・○円	合算入金（機械が付けた推測）	元資料	未消込の二つの請求の合計が入金額と一致する（請求書と入金の記録で確認）。合算した理由は未確認	元資料で確認済み
C企画（架空）	不足・○円	源泉徴収（職員の推測）	顧問先から税理士へ	取引先の支払明細に源泉税額の記載があることを、顧問先から受け取った書面で確認	税理士の判断待ち

次の月に返す

差額の確認を毎月ゼロから始めないために、判断が済んだ内容を次の月に返す形を決めておきます。

• 判断済みの内容は、取引先ごとの「確認済みの取引条件」（手数料の負担の取り決めの有無、支払通知の有無、源泉徴収の対象になり得る報酬があるか、など）として残し、根拠の日付を付けます。
• 次の月に同じ型の差額が出たら、前の月の確認結果は「参考の候補」として並べるだけにして、自動では確定しません。取引条件は変わり得るため、根拠の日付が古いときは顧問先に再確認します。
• 月末は、候補のみ・照会中・判断待ちを「事務所の待ち」「顧問先の待ち」「税理士の待ち」に分けて並べます。所長が全件を開き直さなくても、自分の待ちだけを見られます。
• 同じ取引先で同じ種類の差額が繰り返されるなら、1件ずつ聞くのをやめて、取引条件を一度にまとめて確認します。顧問先への依頼の設計は、顧問先からの資料回収が遅いとき、督促の前に見直す「依頼の設計」で扱っています。

事務所で先に決めておくことは、次のとおりです。

• 理由の区分名と状態名（上の表を出発点にして、事務所の言葉に直す）
• 差額を候補のまま持ち越す金額の線（事務所と顧問先ごとに決める。この記事では水準を示さない）
• 顧問先に事実を聞く窓口と、回答を待つ日数
• 税理士に上げる条件
• 根拠の置き場所（事務所と顧問先が同じ場所を見られること）

この整理が向いている場合、向いていない場合

向いているのは、次の場合です。

• 毎月、同じ取引先で似た差額が出て、そのたびに確認をやり直している
• 理由欄の「手数料」「合算」が、確かめた結果なのか推測なのか、後から分からない
• 顧問先への確認が、「この入金は何ですか」のように事実を特定しない聞き方になりがちである
• 担当者が替わると、差額の見方が変わる

向いていないのは、次の場合です。

• 個別の入金の仕訳や勘定科目、消費税・源泉徴収の個別の扱いを知りたい（税理士や所管に確認してください）
• 差額がほとんど出ず、取引条件も固定していて、顧問先と事務所の間で確認がすでに回っている
• 未入金の督促や債権の回収が論点になっている（この記事では扱いません）

この記事と当社の税務AXの関係

当社の税務AXは、税理士事務所の記帳後の確認業務（請求と受領請求書、それぞれの入金・支払の記録との突合）を、AIと決まった処理で前処理し、職員の確認と税理士の判断につなぐ仕組みを、事務所ごとに設計・実装・運用する取り組みです。

当社の公開ページには『役割と責任』の表があり、事務所の職員は元資料の確認と顧問先への事実の照会を、税理士・所長は税務の最終判断を担う、と書かれています。判断の記録についても、候補・理由・人の確定を別々に残す形を目指す、という記載があります。この記事の3つの区分と状態の分け方は、その考え方に沿っています。当社の公開ページには、差額の理由の区分や状態の定義を、提供範囲として記載していません。この記事で扱った整理は、その前に事務所の中で決められる内容であり、税務AXの提供範囲を説明するものではありません。銀行明細を元データとする照合は、現時点では含みません。

確認した条文とQ&Aの一覧

2026年10月13日に確認しました。法令や国税庁の案内は、後から改訂されることがあります。実務では、国税庁の最新の案内を確かめ、個別の判断は所属の税理士会や専門家に確認してください。

• 民法（e-Gov法令検索）：第485条、第505条
• 所得税法（e-Gov法令検索）：第204条
• 消費税法（e-Gov法令検索）：第38条、第57条の4
• 消費税法施行令（e-Gov法令検索）：第70条の9第3項、第70条の10
• 国税庁「消費税の仕入税額控除制度における適格請求書等保存方式に関するQ&A」の全体版（国税庁のPDF）：問28、問29、問30、問57

個別相談のご案内

税理士事務所の確認業務の仕組み化について、請求と入金の差額の確認の分担と記録を含めた現状から整理したい方は、個別相談の予約へお進みください。（個別相談会（30分）の予約ページへ移動します）